Die Protokolle des akademischen Senats der Universität Bonn sind für den Zeitraum von 1818 bis 1906 in handschriftlicher Form erhalten. Die Aufgabe, die Beschlüsse des Senats zur protokollieren, oblag dem Universitäts-Sekretär, der dazu die Mitschriften in Reinschrift übertrug. Leider sind die vermutlich einmal vorhandenen Anlagen zu diesen Protokollen nicht mehr erhalten. Das Abbrechen der Serie mit dem Jahr 1906 ist vermutlich darauf zurück zu führen, dass bei einem schweren Bombenangriff im Zweiten Weltkrieg zahlreiche Akten der Universitätsverwaltung verbrannten, unter denen sich auch die entsprechenden Bände der Senatsprotokolle befunden haben könnten. Erst ab 1945 finden sich wieder neue Senatsprotokolle, die im Universitätsarchiv aufbewahrt werden.

Der Senat wurde nach den Statuten der Universität aus dem Jahre 1827 durch den Rektor, den Prorektor, den fünf Dekanen und vier ordentlichen Professoren gebildet. Die Amtszeit der gewählten ordentlichen Professoren betrug zwei Jahre, d.h. sie waren zwei Rektorate lang im Amt. Jeweils zwei Professoren wurden ausgetauscht, sodass neben zwei neuen immer zwei erfahrene Professoren Senatoren waren. Da der Rektor nach Ablauf seines Amtsjahres zum Prorektor wurde, blieb auch er jeweils zwei Jahre im Senat. Beständiges Mitglied des Senats war außerdem der Universitätsrichter. Der Kurator als Leiter der staatlichen Verwaltung der Hochschule hatte dagegen keinen Sitz im Senat.

Die Beschlüsse des Senats wurden mit einfacher Mehrheit gefasst. Bei Stimmengleichheit entschied der Rektor. Ihm oblag auch die Umsetzung der Beschlüsse. Die unterlegene Partei hatte allerdings nicht nur das Recht, ihre Meinung im Protokoll festhalten zu lassen, sondern sie durfte ihr Minderheits-Votum auch der vorgesetzten Behörde schriftlich unterbreiten.